A banda surgiu no início da década de 90 com Jyrki,Willian e Bazie. Jyrki escrevendo as letras e Bazie compondo as músicas. Logo se juntou Timo-Timo como guitarrista base e na seqüência Archzie no baixo. A princípio contavam com um baterista chamado Lotto, mas este abandonou a banda antes mesmo de começarem a gravar o primeiro disco, dando lugar a Jussi e assim se completou o grupo.
Nos primeiros anos as músicas eram um rock´n´roll sujo com sabor dos anos 80, lembrando Iggy & The Stooges, Motörhead, etc. Assinaram com a companhia independente Gaga Goodies Records. Lançaram seu primeiro single “Sugarman” em 1990. Depois o primeiro disco “Bump´n´Grind” (1992), “Savage Gardem” em 1995, uma regravação para os fãs japoneses, “Motorcity Resurrection”, com covers de Kiss, Iggy & The Stooges, Alice Cooper entre outros, também em 95. Levaram 2 anos até lançar o próximo disco “ Wrap Your Troubles In Dreams”, em 1997. Neste meio tempo, The 69 Eyes vai se sobressaindo como autênticos ícones do Glam e Punk Rock finlandês, fazendo muitos shows inclusive fora da Finlândia, como na Suécia, Reino Unido e Itália entre outros.
Aos poucos vão se convertendo em uma banda mais obscura, adentrando em um estilo mais relacionado ao gothic rock. Nota-se uma mudança já no álbum “Wrap Your Troubles In dreams”, onde as músicas não soam tão felizes como antes. Pra acentuar essa nova intenção, gravam um cover de “Call Me”, da banda Blondie. Em 1998 já promoviam uma nova demo, “Wasting The Dawn”, por Helsinki e num show em um dos bares da capital finlandesa, o Rock Córner Bar, conheceram Ville Valo, vocalista do HIM que, por sua vez, passou a fazer parte da história da banda.
Em 1999 lançaram seu primeiro disco internacionalmente, “Wasting The Dawn”, pela Roadrunner Records. O Single “Wasting The Dawn” entrou no TOP 10 de singles e ofereceu tributo ao vocalista do The Doors, Jim Morrison, e contou com Ville Valo nos backing vocals e no clipe de “Mr. Mojo Risin”. A banda se consolida de vez no panorama musical Gótico com o Single “Gothic Girl”, lançado em 2000, do seguinte trabalho “Blessed Be”. Este foi responsável pelo primeiro disco de ouro da banda e foi produzido por Johnny Lee Michaels, o “sexto” integrante da banda. Lee Michaels, além da produção, se encarregou dos arranjos de todas as músicas, dos teclados e das programações do novo álbum.
No final de 2000 lançaram o single “Brandon Lee”, que permaneceu 14 semanas no TOP 20 e o vídeo foi um dos mais solicitados durante meses no canal alemão, VIVA 2. Em fevereiro de 2001 lançaram o single “The Chair”, o terceiro do disco “Blessed Be”, e na metade do ano o quarto, o single “Stolen Season”.
Em outubro começaram a gravação do novo disco “Paris Kills” e o primeiro single deste disco, “Dance D`amour” saiu em dezembro e permaneceu 5 semanas sendo o nº. 1 na lista de singles na Finlândia, dando o segundo disco de ouro à banda. “Paris Kills” foi lançado em maio de 2002 consagrando a banda como uma das mais importantes e relevantes da Finlândia e da cena gótica européia em geral. “Paris Kills” permaneceu semanas como nº. 1 nas rádios finlandesas e chegou ao disco de ouro em só um mês, Junho de 2002, e de platina uns poucos dias depois.
O segundo single do disco foi “Betty Blue”. Neste mesmo ano, no dia 23 de Novembro, em mais um show na Finlândia com entradas esgotadas, na casa de shows Tavastia, em Helsinki, foi gravado o DVD “Helsinki Vampires”, que foi lançado em setembro de 2003, um trabalho em conjunto da Gaga Goodies / Poko Records / EMI. Em janeiro de 2003 foi lançado o terceiro single do disco, “Crashing High”, e no final de 2003 foi lançado o disco “Framed Im Blood”, um recompilatório de músicas de maior sucesso dos discos anteriores.
Em maio de 2004, enquanto a banda seguia fazendo vários shows na Finlândia e Jyrki e Jussi atuando com DJs em vários lugares da Europa, lançam o single “Lost Boys” e em setembro o segundo single “Devils”pouco antes do lançamento do disco com o mesmo nome. Em 2005, a banda relançou o álbum “Motorcity Resurrection” em uma versão expandida com 22 músicas, na Finlândia, e no embalo, o terceiro single “Feel Berlin” Em janeiro de 2005, a banda recebe disco de ouro pelas vendagens de “Devils”, e para promover ainda mais o novo disco, a banda grava dois clipes, “Devils” e “Lost Boys”, esse último, sendo filmado nos EUA e dirigido por Bam Margera.