No primeiro dia do colegial, uma bonita garota chamada Haruhi Suzumiya se apresenta dizendo que não têm interesse em meros humanos. Ela está a procura de qualquer extra-terrestre, viajantes do tempo ou médiuns para se unirem a ela. A principio todos pensam se tratar de uma brincadeira, para instantes depois perceber que Haruhi estava falando a sério.
Kyon é um rapaz que senta a frente de Haruhi, e ele não pode deixar de observar o estranho comportamento de Haruhi. Depois de um certo tempo Kyon passa ser a única pessoa que consegue falar com ela na classe, e numa destas conversas ele questiona o fato dela ficar entrando e saindo de todos os clubes da escola, sem querer ele acaba dando a idéia para Haruhi criar o seu próprio clube escolar: A Brigada S.O.S.