Super Junior foi criado com um grupo de pessoas com diferentes tipos de experiência e diferentes origens. Quando a banda foi fundada como um grupo de doze membros, em 2005, a maioria dos integrantes já tinham experiência como ator, apresentador de rádio ou modelo. Estreando no final de 2005, os membros do Super Junior, na época chamado de Super Junior 05, mostraram seu talento nessas áreas, além de cantar e dançar. O primeiro álbum da banda, Super Junior 05 (Twins), teve uma aceitação moderada, mas não foi até 2006 que o grande sucesso da banda começou.
Originalmente, Super Junior foi criado para ser um grupo de rotação, similar a sensação Pop feminina, Morning Musume. No entanto, os membros do Super Junior 05 se tornaram tão populares com os fãs, que a idéia foi arquivada junto com os planos da criação do Super Junior 06. Um décimo terceiro membro, Kyuhyun, foi adicionado e então o Super Junior lançou seu primeiro single físico, U, que vendeu mais de 80.000 cópias nos seis meses que se seguiram. Apesar do final de 2006 e início de 2007 terem sido quietos para o grupo como um todo, com vários membros participando de atividades individuais, a popularidade da banda continuou a crescer.
Por volta dessa época, sub-grupos foram formados para apresentar diferentes estilos musicais e se focar em diferentes públicos. Super Junior-K.R.Y. mostrava o talento vocal de membros selecionados, através de baladas poderosas e Super Junior-T focava em trazer de volta a popularidade do gênero trot.
O retorno do grupo com um segundo álbum também estava sendo planejado, apesar dos planos terem sido adiados quando cinco membros se machucaram em dois acidentes de carro diferentes, em agosto de 2006 e abril de 2007. Como resultado, o segundo álbum da banda, Don’t Don, não foi lançado até setembro de 2007. Comparado com as quase 30.000 cópias de Super Junior 05 (Twins), vendidas nos primeiros meses de lançamento, 60.000 cópias de Don’t Don foram vendidas no final da primeira semana, vendendo 160.000 cópias nos três primeiros meses, se tornando o segundo álbum mais vendido do ano.
Um mês depois do lançamento do álbum, um novo sub-grupo, Super Junior-M, foi anunciado, contando com a participação de cinco membros do grupo original, além dos estreantes Henry e Zhou Mi. Entre controvérsias, o grupo estreou com um quarto sub-grupo, Super Junior-Happy, criado para continuar as atividades da banda na Coréia durante a ausência dos outros membros. 2008 se focou nas atividades desses grupos, apesar de Super Junior-T ter tido um pequeno retorno, lançando a versão japonesa de seu single Rokkugeo!!!.
O terceiro álbum do Super Junior, Sorry, Sorry, foi lançado em março de 2009, com mais de 150.000 cópias encomendadas semanas antes do lançamento. O álbum vendeu mais 29.000 cópias no primeiro dia de lançamento, ultrapassando o recorde anterior do Seo Taiji de 25.000 cópias.
Com o grupo principal cada vez mais popular em sua terra natal, foi dito que o sub-grupo Super Junior-M também lançará seu segundo álbum no segundo semestre de 2009.