Graças às guerreiras a cidade voltou a ser calma e pacífica. A filha do futuro de Sailor Moon, Chibiusa, também retornou para o século 30. Usagi, Rei, Ami, Makoto(Lita) e Minako(Mina) acabaram de se tornar estudantes da 9ª série e aproveitam suas vidas escolares pacíficas. Mas, em um desses dias tranqüilos, Rei tem um pesadelo em que a Terra é encoberta pela escuridão e todas as sailors são destruídas. As meninas estão se dedicando aos estudos, preparando-se para as provas e Rei fica desconcentrada e preocupada com o pesadelo. Então a prova que faltava para a confirmação do pesadelo de Rei surge: a aparição de novos inimigos, os Daimon, que atacavam os seres humanos.
Uma entidade maligna conhecida como professor Souichi Tomoe está em busca da lendária Taça Lunar (Seihai), um objeto que dará grande poder a quem o possuir. A Taça Lunar aparecerá quando se reunirem os Três Talismãs que estão guardados nos corações puros de humanos escolhidos. Para achar a Taça Lunar e dominar o mundo os seres do mal pretendem perseguir humanos de coração puro e com este propósito utilizam monstros demoníacos nascidos de sementes do demônio (daimon eggs). Estes talismãs têm a forma dos três tesouros sagrados: um espelho, uma espada e um broche.
A primeira humana a ser atacada pelo novo inimigo é Rei. Ela está orando no templo quando uma árvore se transforma num terrível monstro. Usagi se transforma em Sailor Moon para ajudar sua amiga, mas seus poderes não são páreis para este inimigo tão poderoso e sua transformação se desfaz. As outras sailors ficam retidas por um golpe do monstro e Tuxedo Mask não consegue ajudar, então demônio consegue tirar a estrela do coração puro de Rei. É aí que duas misteriosas novas guerreiras entram em ação e destroem o Daimon. Ao recuperarem o cristal do coração puro, uma delas diz “Esse não é o talismã...”, e logo desaparecem. O cristal do coração de Rei volta ao seu lugar e ela retoma a consciência, tudo fica bem.
Depois do ataque maligno do demônio que atacou Rei, o brilho do Cristal de Prata no broche de Usagi desaparece. E se o Cristal de Prata não voltar a brilhar a heroína não poderá mais se transformar em Sailor Moon. Uma nova semente do demônio se instala fazendo nascer um outro Daimon. O monstro ataca outra vítima e as guerreiras aparecem para protegê-la, mas todas são derrotadas. Usagi não consegue se transformar e entra em desespero. As misteriosas guerreiras atacam novamente e derrubam o inimigo, mas assim que elas estão partindo o demônio ressurge. Tuxedo Mask tenta ajudar e fica muito ferido. É neste momento que o amor de Usagi por Tuxedo Mask/Mamoru lhe da um novo poder, seu broche se transforma e ela enfim consegue derrotar o inimigo. Uma nova era começa onde o poder do amor supera a força do mal.
Durante certo dia de folga, Usagi e Minako encontram um rapaz bonito chamado Haruka Tenoh que compete com Minako em um jogo de corrida e ganha dela. Elas se surpreendem ao descobrir que ele, na verdade, é uma garota, alta e que gosta de roupas masculinas e corridas de automóveis. Haruka está sempre acompanhada de Michiru Kaioh uma moça lindíssima e talentosa violinista. Neste mesmo dia as guerreiras misteriosas mostram a face para as Sailors e aí vem a surpresa, elas também são sailors! Sailor Urano, a rainha dos céus cujo planeta guardião é Urano, e Sailor Netuno, a musa dos mares cujo planeta guardião é Netuno. Elas estão em busca dos Talismãs e da Taça Lunar para impedir que caiam nas mãos do inimigo e que se cumpra o Silêncio e não vão poupar ninguém que esteja no caminho até eles.
Inicialmente o professor Tomoe conta com o auxílio de Kaolinite (Kaorinet) uma mulher ruiva, atraente e muito inteligente. Ela escolhe cuidadosamente as vítimas que tem o coração mais puro, mas as Sailors destróem os monstros que nascem das sementes do demônio um a um. Ela escolhe os corações puros de quase todas as Sailors. Quando escolhe o coração puro de Usagi e implanta uma semente do demônio no presente de aniversário dela, Kaolinite descobre que Usagi é Sailor Moon e a ataca. Tuxedo Mask a salva e tenta protegê-la, só que o demônio o envolve por um grande bloco de cristal. Sem saída, Usagi tem o coração roubado, seu cristal do coração tem um brilho fascinante e faz com que Kaolinite pense que é um dos talismãs. Mas Urano e Netuno salvam Usagi e confirmam que o brilho mostra apenas a pureza do coração, o que não tem nada a ver com ele ser o talismã. Para enganar o inimigo e proteger a identidade de Usagi, Minako se disfarça de Sailor Moon, provando então que Kaolinite se confundiu e que o broche de Usagi era falso. Mas a poderosa vilã prepara uma armadilha para as Sailors na Torre de Tóquio e mostra seus magníficos poderes. As Sailors quase não escapam, pois seu ataque dos Planetas das Sailors não afetou a malvada vilã. Prestes a perder, as Sailors são salvas pelo ataque de Urano que faz com que o golpe maligno de Kaolinite se volte contra ela mesma. A malvada se transforma num bloco de cristal e cai da Torre.
Para facilitar o seu trabalho, o professor contrata os serviços do laboratório Cinco Bruxas (Witches 5), formado por Eudial, Mimete, Telulu, Viluy e Ciprin e Pitrol. A primeira encarregada de continuar a missão é Eudial. Assim que a primeira bruxa começa a agir Chibiusa (Rini) retorna do futuro como aprendiz de Sailor para treinar e ajudar as meninas. Ela é Sailor Chibi Moon. Em meio a muitas batalhas contra os Daimons de Eudial, que são mais fortes e bem elaborados que os anteriores, acontece um imprevisto: todas as Sailors ficam presas com Eudial. A bruxa captura o cristal do coração de Minako e as outras vão ajudá-la, só que Haruka e Michiru ficam presas com todas. Ambas, então, revelam a verdadeira identidade: Haruka é Sailor Urano e Michiru é Sailor Netuno. A partir daí todas as Sailors sabem a identidade uma da outra. Vale lembrar que Minako fica muito feliz ao ter o coração capturado, já que ela estava frustrada por ela ser a única que não teve o coração roubado.
Eudial é uma bruxa inteligente, escolhe bem as vitimas, tanto que ela descobre quem são os donos dos talismãs. A bruxa já estava sendo ameaçada por seus fracassos e num ato de desespero ela prepara uma armadilha para Urano e Netuno. Ela as leva para uma antiga Catedral e lá revela quem são os verdadeiros donos dos Talismãs: elas próprias, Haruka e Michiru. O cristal do coração de Michiru transforma-se num espelho e o de Haruka numa espada. Uma mulher misteriosa chamada Setsuna Meiou pede que Usagi ajude-as e lhe diz onde as duas estão. Usagi chega para ajudar, mas está sem seu broche, pois Haruka o roubou. Mesmo assim a heroína empurra Eudial que se desequilibra e cai. Haruka já fraca devolve o broche de Usagi e pede às Sailors que encontrem alguém que é denominado o Enviado do Bem. Ela explica que o Enviado do Bem irá trazer paz ao mundo. Só que Eudial rouba os Talismãs e foge com eles. As sailors vão atrás dela e Sailor Moon a enfrenta, mas é derrotada. Então a misteriosa Setsuna Meiou transforma-se em Sailor Plutão e revela que ela tem o terceiro Talismã, que é o broche do seu cetro. O Talismã de Plutão atrai os outros dois talismãs, que se separam do cristal do coração de Haruka e Michirue, retornando a seus corpos. Os três talismãs unidos liberam a Taça Lunar. Sailor Moon consegue pegar a poderosa Taça Lunar e seus poderes multiplicam de força: ela passa a ser Super Sailor Moon. Eudial sai ferida e acaba morrendo num acidente provocado por Mimete, uma das Cinco Bruxas.
Uma nova fase se inicia. Os Poderes de Super Sailor Moon são muito fortes, mas a própria Usagi não agüenta mantê-los por muito tempo. Urano, Netuno e agora Plutão começam a procurar aquele que deve cuidar da Taça Lunar, o Enviado do Bem, que segundo Urano não pode ser a Sailor Moon. Um novo inimigo aparece: Mimete, a segunda bruxa. O professor Tomoe inventa uma nova semente do demônio que engole os corações puros, mais forte e mais poderosa.
Chibiusa conhece uma bela e frágil menina, Hotaru Tomoe, e as duas se tornam grandes amigas. Como Hotaru é tímida e um pouco diferente, não tem amigos. Mas Chibiusa não se importa, adora ser amiga dela e a ama de coração. Hotaru se mostra uma menina de saúde frágil, se sente mal muitas vezes e fica muito cansada. Mas a amizade de Chibiusa lhe da alegria e força.
As oito Sailors descobrem que seu inimigo, o professor Tomoe, é pai de Hotaru e que ele faz parte dos Caçadores da Morte (Death Busters) interessados em fazer despertar o misterioso Enviado do Mal (em oposição ao Enviado do Bem). O grupo dos Caçadores da Morte é o responsável por todos os acontecimentos desde o começo, seu objetivo é entregar a preciosa Taça Lunar nas mãos do Enviado do Mal. As Sailors do Sistema Solar externo (Urano, Netuno e Plutão) sabem que Hotaru é Sailor Saturno, a Sailor da destruição, cujo planeta guardião é o planeta da devastação Saturno, e pensam que essa Sailor é o Enviado do Mal. As três tem planos de impedir que a alma de Saturno desperte, pois acreditam que ela trará o pavoroso Silêncio quando despertar. As cinco Sailors (as do Sistema Solar interno) e Sailor Chibimoon interferem nas ações das outras três Sailors contra a jovem Hotaru.
O pai de Hotaru, o professor Tomoe é também o dono do Colégio Mugen (Mugen High Scholl), colégio onde Haruka e Michiru (e também Hotaru) estudam, obviamente para investigarem. Ali eles bolam planos para conseguir a maior quantidade de corações puros possíveis, todas fracassadas. Hotaru é uma menina tão frágil porque ela vive em conflito com um espírito maligno que vive dentro do seu corpo. É a Dama 9 (Mistress 9), o verdadeiro Enviado do Mal. Ela é a líder dos Caçadores da Morte e pretende trazer para a terra o Silêncio através do Faraó 90 (Pharaoh 90), uma força poderosa. Para despertar, a Dama 9 precisa de corações puros, por isso os Caçadores da Morte procuram por eles. Kaolinite, que foi ressuscitada pelo professor Tomoe, consegue o coração mais puro para a maligna Dama 9: o de Chibiusa. Então, para a surpresa de Haruka e Michiru, quando Hotaru, possuída pelo espírito maligno, engole o cristal do coração de Chibiusa ela se transforma na Dama 9 e não em Sailor Saturno.
Dama 9 e o Professor Tomoe tomam o prédio do Colégio Mugen e o transformam numa dimensão para receber o Faraó 90, onde ninguém pode entrar. Sailor Plutão se sacrifica para que Urano e Netuno entrem no Colégio Mugen e salvem a terra. Sailor Moon é capturada pela Dama 9 e como o prédio é protegido por uma força muito forte as outras Sailors não podem ajuda-la. A Enviada do Mal tenta enganar Sailor Moon se fazendo passar por Hotaru e enquanto isso Sailor Urano e Sailor Netuno encontram o demonio que possuía o professor Tomoe: em um incêndio ele e Hotaru estavam a beira da morte, mas ele faz um acordo com uma voz misteriosa através do qual trocaria sua alma pela vida de sua filha. Mas ele foi traído pelo espírito maligno, que usou o corpo de sua filha. Urano e Netuno Lutam contra este demônio, mas como seus poderes não são páreos elas usam os poderes de seus talismãs.
O pai de Hotaru, livre do demônio que o possuía, quer ajudar sua filha. O espírito de Hotaru enfrenta a Dama 9 que começa a enfraquecer. Sailor Moon acredita que Hotaru ainda está viva dentro da Dama 9 e não deixa que Sailor Urano e Sailor Netuno a machuque. Aproveitando-se disto a Enviada do Mal consegue pegar a Taça Lunar e colocá-la na máquina que guiará o Faraó 90 até a Terra e finalmente espalhara o silêncio.
Vendo Sailor Moon lutar por ela, Chibiusa morrendo sem o cristal do coração e seu pai ferido, Hotaru desperta como Sailor Saturno, a Sailor da Criação e da Destruição, e parte para destruir o Faraó 90. Sailor Saturno tem o poder de destruir um planeta, mas para isso terá de sacrificar sua vida. Por desejar salvar Hotaru, Sailor Moon consegue transformar-se em Super Sailor Moon, mesmo sem a taça lunar, com a ajuda dos poderes das outras Sailors: Mercury, Mars, Jupiter, Vênus, Urano e Netuno. Como tinha um coração muito puro ela o usou para transformar-se e ir em busca de Sailor Saturno. Depois de derrotar o mal, Sailor Moon volta com um bebê nos braços: é Hotaru, com uma nova vida. Haruka e Michiru a devolvem ao professor Tomoe, que se esquece de tudo e Chibiusa os vê no terreno do Hospital. Haruka e Michiru voltam pra casa e mais uma vez o mundo está salvo graças ao amor e a confiança de Sailor Moon. Chibiusa tenta voltar para o futuro, mas fica para ajudar as meninas a derrotar uma ultima semente do demônio que sobrou. Este é o fim da fase S de Sailor Moon.
