Faleceu devido a um cancro na próstata em 4 de Dezembro de 1993.
Ele interpretou um traficante de drogas no episódio Payback, de Miami Vice.
Em 1984, ele interpretou o corcunda Attilla no episódio "The Boy Who Left Home to Find Out About the Shivers" de Faerie Tale Theatre (programa exibido no Brasil pela TV Cultura com o nome de Contos de Fadas).
Zappa fez a voz do Papa no episódio In The Army/Powdered Toast Man de Ren & Stimpy, em 1992.
Música dos primeiros álbuns dos Mothers of Invention foi usada no filme Medium Cool, de 1969.
O desenho animado Duckman contêm música composta por Zappa e executada no synclavier. Além disso, o filho de Zappa, Dweezil, dubla um personagem no programa.
A música de Zappa tem uma grande importância na peça This is Out Youth, de Kenneth Lonergan.
Dirty Love foi usada no filme The Ice Storm, de 1997.
Watermelon In Easter Hay é executada nos créditos de Y Tu Mamá También, de 2001.
Zappa, sempre ativista em campanhas e movimentos, chegou a candidatar-se à presidência dos EUA. O projeto foi abortado pela súbita doença que o atacou.
Ele foi um dos mais controversos e geniais músicos que já surgiram nesse planeta. O pioneirismo e a visão de vanguarda de Frank Zappa o tornaram tão influentes que hoje seria impossível imaginar como seria o Rock e a guitarra...