Evangelion é uma série de ação de mecha apocalíptica que gira em torno de uma organização paramilitar chamada NERV, criada para combater seres monstruosos chamados Angels, utilizando mechas gigantes chamados Evangelions (ou EVAs) (os quais também podem ser chamados de Angel, mas por serem envolvidos numa armadura, não são um Angel.) Estes mechas são pilotados por adolecentes, que por um mero acaso nasceram no ano do Segundo Impacto, sendo um deles o personagem principal, chamado Shinji Ikari. Com outros adolescentes que foram treinados para usar os EVAs (por serem compatíveis com o mesmos) e com a ajuda dos membros da NERV, eles tentam derrotar os Angels e evitar a destruição do mundo.
Os personagens de Evangelion estão continuamente lutando com seus relacionamentos interpessoais, seus "demônios" internos, e traumas do passado, criando um complexo familiar de relacionamentos.
Anno (criador da série) descreve o personagem principal, Shinji Ikari, como um garoto solitário, e convencido dele mesmo que as pessoas não precisam dele, mas também não comete um suicídio. Ele descreve Shinji e Misato Katsuragi como extremamente "fracos, fraquinhos e fracotes" e "indecisos" em suas atitudes, que são atitudes pouco positivas para classificar alguém como herói de uma história. Quando comparados com estereótipos de heróis, Shinji é caracterizado com o que tem mais força e emoção que por sorte de heroísmo ou bravura. Rei Ayanami e Asuka Langley Soryu, os outros protagonistas, tem falhas e dificuldades similares relacionando com outras pessoas.