Fundada em 27 de fevereiro de 1955 com o nome de Unidos de São Carlos, resultou da fusão das escolas existentes no Morro de São Carlos, no bairro do Estácio. Eram elas: Paraíso das Morenas, Recreio de São Carlos (antiga Vê Se Pode) e Cada Ano Sai Melhor (antiga Para O Ano Sai Melhor).
Seus fundadores foram Miro (primeiro presidente), Caldez, Neca Bonitão, Cândido Canário, Sidney Conceição, Zacharias do Estácio, José Botelho, Maurício Gomes da Silva, Walter Herrice, Manuel Bagulho, entre outros. Originalmente tinha as cores azul e branco, passando a vermelho e branco em 1965. O nome de Estácio de Sá foi adotado em 1983, sendo que atualmente está sediada na Avenida Salvador de Sá.
Estreou entre as chamadas grandes escolas do Rio em 1968, com o enredo Visita ao Museu Imperial. Nas décadas de 70 e 80 alternou brilhantes desfiles no grupo principal com rápidos deslizes.
Entre seus sambas considerados de melhor qualidade, estão os dos carnavais de 1975 (A festa do Círio de Nazaré - 10º lugar no então Grupo 1) e 1976 (Arte negra na legendária Bahia - 10º lugar no Grupo 1).
Em 1985, o enredo Prata da Noite homenageou o ator Grande Otelo, que desfilou ao lado da vedete Watusi, no último carro alegórico, que reproduzia o palco da casa de shows Scala onde os dois atuavam juntos, na época.
Posteriormente, vieram dois quintos lugares, no Grupo Especial, em 1990 (Langsdorff, delírio na Sapucaí) e 1991 (Brasil, brega e kitsch).
Antes do campeonato, a Estácio de Sá obteve sua melhor classificação em 1987, quando conquistou o 4° lugar com o enredo O ti-ti-ti do sapoti. Dando continuidade a um tipo de enredo satírico, descontraído, mas conseqüente, a Estácio apresentou, em 1988, O boi dá bode e em 1989, Um, dois, feijão com arroz. Os três de autoria de Rosa Magalhães.
A Estácio de Sá conquistou sua maior glória sagrando-se campeã do carnaval do Rio de Janeiro em 1992 com o enredo Paulicéia desvairada - 70 anos de Modernismo, desenvolvido por Mário Monteiro e Chico Spinoza, num desfile que empolgou a Sapucaí e fez o público das arquibancadas mover-se no ritmo de sua marcante bateria.
Em 1997, a escola tira o 13º lugar com o enredo Através da Fumaça, o Mágico Cheiro do Carnaval, sendo rebaixada para o Grupo de Acesso. Desde o descenso, a escola passou a enfrentar muitos problemas, acarretando inclusive um inédito rebaixamento para o Grupo B, em 2004. Em 2005, com a reedição de seu tema de 1976, Arte Negra na Legendária Bahia, a Estácio conquistou o título do Grupo B. E em 2006, a escola, elegeu Alessandra Mattos como rainha de bateria e foi assumida pelo já consagrado carnavalesco Paulo Barros, venceu o Grupo A com a reedição do enredo Quem é Você?, de 1984.
Em 2007, depois de dez anos, a Estácio voltou ao Grupo Especial, onde abriu o desfile das escolas de samba do Grupo Especial, no domingo de carnaval, reeditando o samba-enredo O ti-ti-ti do sapoti, de 1987. Terminou em último lugar, voltando ao Grupo A. Em 2008, com o enredo A história do futuro, desenvolvido pelo carnavalesco Cid Carvalho, a escola terminou na 7º colocação.
Em 2009, a escola trouxe como madrinha de bateria, a modelo Mirella Santos que dividiu os holofótes com a rainha de bateria, Alessandra Mattos, e como enredo Que chita bacana!, que foi desenvolvido pelo carnavalesco Cid Carvalho. A escola ficou na 5º colocação com 238,1 pontos, permanecendo no mesmo grupo em 2010.
Em 2010, a escola trouxe o carnavalesco campeão em 1992 (Chico Espinosa) e traz o enredo sobre sua própia história, desde de sua fundação em 1928 com o nome de Deixa Falar, denominado Deixa Falar, a Estácio é isso aí. Eu visto esse manto e vou por aí.
Em sua bandeira, a Estácio de Sá carrega o nome do fundador da cidade do Rio de Janeiro, mas sua história se confunde, sobretudo, com a formação das escolas de samba. A explicação é simples: "Vem de lá, vem de lá", da região da Praça Onze, a origem da vermelha-e-branca. É a Deixa Falar, considerada por pesquisadores como a primeira de todas.
É no Estácio, pertinho da Praça Onze, reduto do samba, da batucada e do candomblé, palco de personagens clássicos do mundo do samba como Tia Ciata, Donga e Sinhô, que nasceu a Deixa Falar, em 12 de agosto de 1928. Um dos seus fundadores é Ismael Silva, sambista de Niterói que se mudou ainda criança para a região do Rio Comprido na década de 20. Inicialmente, a Deixa Falar era bloco, mas logo se tornou escola de samba. A alcunha foi sugerida pelo próprio Ismael Silva, em analogia a uma escola normal que funcionava no bairro. Para ele, a Deixa Falar funcionava como um celeiro de "professores do samba".
Como escola, a Deixa Falar desfilou pouco - apenas nos carnavais de 1929, 1930 e 1931. Nem chegou a participar do primeiro desfile oficial, organizado pelo jornal "Mundo Sportivo", em 1932. No entanto, foi referência para o surgimento de outras agremiações no Rio de Janeiro, inclusive no próprio morro de São Carlos, base da atual Estácio de Sá. Lá, foram fundadas outras escolas que faziam sua folia na disputa pelo título, como "Cada Ano Sae Melhor", "Vê se pode" (posteriormente "Recreio de São Carlos") e o "Paraíso das Morenas".
Os laços, quase consangüíneos, falaram mais forte e, em 1955, essas escolas se uniram para formar a Unidos de São Carlos. Desde então, o efeito ioiô, aquele sobe-e-desce de grupos, pontuou a história da São Carlos, mas nem por isso deixou de fazer bonito no desfile principal. Dois exemplos são notórios e foram reeditados recentemente: "A festa do Círio de Nazaré", em 1975, e "Arte Negra na Legendária Bahia", de 1976, que revelou o talento do compositor e intérprete Dominguinhos do Estácio.
Em 1983, mais uma mudança: a Unidos de São Carlos vira Estácio de Sá. Suas cores, antes azul-e-branca, voltam a referenciar a herança direta da Deixa Falar, e o "pavilhão do amor" balança novamente vermelho e branco. A troca no nome era para adequar a escola à sua comunidade, que já contava, na época, com integrantes e simpatizantes que iam além das fronteiras do Morro de São Carlos.
Em sua nova fase, a Estácio, já no desfile principal, tomou características de uma escola leve, descontraída e irreverente, mas nunca emplacando uma posição de grande destaque - no máximo, o quarto lugar com a primeira versão de "O tititi do sapoti". Mas, em 1992, veio a surpresa que ninguém esperava. Quando todos davam como certo o título para a bicampeã Mocidade, o Leão corre por fora e abocanha o título, com o enredo "Paulicéia Desvairada, 70 anos de Modernismo no Brasil".
Este é o único campeonato da Estácio de Sá no Grupo Especial, que, em 1997, sofreu um baque e retornou ao Grupo de Acesso A. Chegou a ir para a terceira divisão do samba, o Acesso B, em 2005. Sua retomada ascendente, que culmina neste retorno à elite do samba, reflete o espírito do torcedor estaciano, cantado em seu samba-exaltação, "Pavilhão do amor", composto por Jair Guedes, Toninho Gentil, Soneca, Jorge Magalhães e Marcelo Luiz:
A saudade apertou
E eu voltei, e eu voltei
Pra ficar ao seu lado
Com um nó na garganta
Meu peito se zanga
O sentido calado
Mas corre nas veias
Esse sangue vermelho
Que me faz explodir
Seu branco é o encanto
Eu visto esse manto, e vou por aí
A Estácio é isso aí
É, a esperança continua
Amor, amor, amor
Sou teu poeta pelas ruas
O meu coração se abriu em flor
Tu és o pavilhão do amor
O bairro do Estácio de Sá é indiscutivelmente o berço do samba carioca. Centro da grande "malandragem" do príncipio do século, vizinha da Praça Onze e do Mangue (Zona), foi passagem de todos os grandes sambistas que, na época, surgiram no Rio - da Mangueira à Portela, passando pelos compositores e cantores do rádio que, em pleno desenrolar da "década de ouro do samba", lá iam garimpar a base de seu repertório, sambas maravilhosamente eternos. Francisco Alves e Mário Reis são exemplos.
O início resume-se nas destacadas figuras de Mano Edgar, Bucy Moreira, Alcebíades Barcelos (Bide), e seu irmão Rubens, Armando Marçal, Ismael Silva, Baiaco, Brancura e tinha como frequentador Juvenal Lopes ("Nonel do Estácio ou "Juju das Candongas"), que mais tarde se mandou para a Mangueira, onde chegou à presidência e Heitor dos Prazeres.
Foi ali que surgiu a "Deixa Falar", considerada a Primeira Escola de Samba. Criada no dia 12 de agosto de 1928, no nº 27 da Rua Maia de Lacerda, na casa de um sargento da polícia militar, pai do saudoso Bijú, senhor Chystalino. Como nas imediações funcionava uma Escola Normal, que formava professores para a rede escolar, Ismael Silva resolveu batizar seu grupo de Escola de Samba, já que formaria professores de samba. A Deixa Falar durou pouco tempo, desfilando na Praça Onze nos carnavais de 1929, 1930 e 1931, e nem chegou a participar do primeiro concurso das Escolas de Samba do Rio, organizado em 1932 pelo Jornal Mundo Sportivo pois preferiu passar para a categoria de rancho carnavalesco. No entanto, foi uma referência para o surgimento das outras Escolas.
A maioria não se misturava muito". Quem saía dentro da corda mesmo eram o baliza Gaguinho, a porta-estandarte Caboquinha, o Chico Macaú que encourava barricas de vinho para a bateria reforçada do Bloco da Carestia, em cuja casa havia Umbanda, Congo e Caxambu e a gente que vinha dos trabalhadores do cais, operários, artesãos, gráficos e ambulantes aos quais se juntavam malandros, cafetões e boêmios em geral. Entre as cabrochas: Anastácia do Nino, Celeste, Rosália, Odetinha, Agripina, Julieta, senhoras de respeito que faziam o coro de canto ou a fila de baianas. Entre os malandros batuqueiros, Bujú Velho, Gaguinho, Paulo Grande, Dadá Mulato, Alemãozinho, Neca Bonito e o maior malandro de todos os tempos do Estácio, Nino da Anastácia. Tinha ainda os mais esquecidos, os importantíssimos homens da corda como Jorge Burundú (da "Cada Ano Sai Melhor"), João Pimentão (da "Paraíso das Morenas"), e o Milú (da "Recreio de São Carlos"), gente que fazia questão de se expor, brigar, sofrer e carregar aquela estiva toda, ida e volta.
Após a "Deixa Falar" surgiram várias agremiações no bairro do Estácio como "Cada Ano Sae Melhor", "Sem Você Eu Vivo", "Vê Se Pode" que se transformou na "Recreio de São Carlos", "Paraíso do Grotão" e "Boi Azul". Em 27 de fevereiro de 1955 surgiu a "Unidos de São Carlos", criada a partir da fusão das escolas "Cada Ano Sae Melhor", "Paraíso das Morenas" e "Recreio de São Carlos". Em 1983, a "Unidos de São Carlos" passou a se chamar Estácio de Sá.
A primeira Escola de Samba do país nasceu em 1928, criada por uma turma de bambas como Ismael Silva, Bide, Marçal, Baiaco, Brancura e Mano Edgar. Eles costumavam se reunir na subida do Morro de São Carlos, no Estácio - um dos pontos quentes de um Rio de Janeiro que vivia mil transformações e transgressões. Acabaram inventando a Deixa Falar.
Os botequins na esquina da Rua Maia Lacerda, perto da Praça Onze e da Zona do Mangue, atraíam malandros de todas as partes do Rio, alguns deles excelentes sambistas. Vinha gente de Benfica, Madureira, Providência e Gamboa. Ali era cenário para o meretrício e para as rodas de carteado. Essa vida noturna intensa garantiu ao Estácio a aura de Berço do Samba carioca - aquele que conhecemos até hoje, dolente, pausado e marcado por instrumentos de percussão.
Não é à toa que a malandragem sempre esteve associada ao Rio de Janeiro, berço do samba. Tampouco é fruto do acaso o fato de a primeira escola de samba carioca, a "Deixa Falar", ter nascido no bairro do Estácio, tradicional reduto da massa de desocupados e trabalhadores informais, dedicados a jogatina e exploração de mulheres naquele alvorecer dos anos 30. Eram os chamados "bambas" os líderes destas hordas de malandros, que se reuniam nos botecos em culto à boemia e tudo mais que estivesse associado.
Aí a malandragem se criou. E no Estácio criou-se o grande Ismael Silva, grande "bamba" e um dos fundadores da agremiação carnavalesca supracitada. "O samba moderno nasceu no Estácio. O bum, bum, paticumbum, prugurundum é Ismael Silva. As primeiras escolas de samba se apropriaram da estrutura dos cortejos e apressaram a linha melódica para andar, pular e dançar", explica o pesquisador Carlos Nogueira, autor da tese No São Carlos era assim .... Para Nogueira, o samba "tem relação direta com as favelas por causa dos negros. A maioria dos ex-escravos subiu os morros. E onde passou o negro tem uma semente do samba", afirma.