Nascido no dia 26 de janeiro de 1964 na cidade de Catolé do Rocha (450 km de João Pessoa), Francisco César Gonçalves é o mais novo dos sete filhos de Dona Etelvina e Seu Francisco. Morou com a família até os 8 anos na zona rural da cidade, mas tão logo foi colocado numa escola de freiras largou a enxada para se dedicar aos estudos. Na cidade, começou a trabalhar em uma loja de discos chamada Lunik, onde vendia e ouvia de Chico Buarque a Jackson do Pandeiro, passando por Marinês e Sua Gente, Caetano Veloso, Bee Gees, Altamiro Carrilho, Benito di Paula, Jackson Five e, obviamente, Luiz Gonzaga e Roberto Carlos. Formou-se então seu gosto por uma música popular diversa e vibrante.
A música logo saiu das prateleiras e o envolveu. Aos 10 anos, juntou-se a outros meninos mais velhos para formar as bandas The Snakes e Supersom Mirim, ambas de covers nacionais e internacionais. Quatro anos depois, formou o Grupo Ferradura, por meio do qual começou a jogar ao público de festivais pelo interior suas canções, ainda muito inspiradas em Ednardo ("Pavão Misterioso").
Aos 16 anos, mudou-se para João Pessoa e entrou no grupo Jaguaribe Carne, que fazia música e poesia experimentais nas universidades. Aprendeu com os irmãos Pedro Osmar e Paulo Ró, os fundadores do grupo, sobre a antropofagia de Oswald e Mário de Andrade, música dodecafônica, poesia concreta, minimalismo, Hermeto Paschoal, Meredith Monk e outras bossas muito loucas. Ao mesmo tempo, cursava Comunicação na Universidade Federal da Paraíba. Logo começou a trabalhar em jornais, chegando a entrevistar, no início da década de 1980, uma banda pouco conhecida de Brasília chamada Paralamas do Sucesso.
Em 1985, Chico César instalou-se em São Paulo para tentar impulsionar sua carreira musical, mas antes precisou ralar, com o diploma de Jornalismo nas mãos, em funções diversas como revisor, preparador de textos e repórter. A princípio, Chico César era considerado muito regional para os espaços "cult" da cidade e muito estranho para os recantos nordestinos por causa de sua música em que referências modernas e populares vão se misturando, cheias de balanço, entre o romantismo e a indignação. No início da década de 1990, uma amiga que trabalhava numa associação cultural Brasil-Alemanha conseguiu que o compositor fosse fazer alguns shows na Alemanha. O resultado foi que, pela primeira vez, ele apareceu em jornais brasileiros. O ano era 1994.
O show voz e violão feito na Alemanha já era a base do que viria a ser seu álbum de estréia, Aos vivos. Gravado ao vivo em São Paulo em 1994, e lançado pela Velas no ano seguinte, o disco levou Chico César ao sucesso com duas músicas: "À primeira vista" (logo gravada por Daniela Mercury) e "Mama África". O reconhecimento demorou mais de uma década de estrada, mas se espalhou rapidamente por rádios, televisões, shows e vendagens. O disco ainda trazia interpretações de André Abujamra ("Alma não tem cor"), Luiz Gonzaga ("Paraíba"), uma parceria com Itamar Assumpção ("Dúvida cruel") e o encontro com Tata Fernandes, amiga, intérprete e parceira em "Nato" e "Templo" (que também é assinada por Milton di Biasi).
Cuscuz clã saiu em 1996 na esteira do sucesso de Aos vivos. Chico César regravou, agora em estúdio, os sucessos "À primeira vista" e "Mama África", o que as fez conquistarem alcance nacional. O disco também marcou as primeiras parcerias do paraibano com o maranhense Zeca Baleiro ("Mandela" e "Pedra de responsa"). No ano seguinte, Chico César lançou Beleza mano, que não foi bem recebido pela crítica e teve vendagens baixas, apesar de suas composições continuarem afiadas e potencialmente populares.
Mama mundi, o quarto disco, produzido por Mário Manga (Música Ligeira, Premê), foi lançado no início de 2000. O disco também não repetiu o sucesso de seus dois primeiros, mas as parcerias com Zeca Baleiro ("Dança do papangu"), Vanessa da Mata ("A força que nunca seca", que também foi gravada por Maria Bethânia) e Vicente Barreto ("Talvez você") abrilhantaram um trabalho rico em misturas de ritmos. Manga também assinou a produção musical da peça infantil Amídalas, que, lançada no mesmo ano, teve dez canções feitas pelo cantor e compositor paraibano.
Depois de passar dois anos se dedicando a shows no Brasil e, principalmente, no exterior, sobretudo na Europa, Chico César lançou seu quinto disco, Respeitem meus cabelos, brancos (o quarto pela MZA). O álbum, que foi produzido pelo anglo-suiço Will Mowat, contou com participações de Chico Buarque, Carlinhos Brown, Nina Miranda (vocalista do grupo Smoke City), Naná Vasconcelos e os paraibanos da Metalúrgica Filipéia. Bastante elogiado, o disco acrescentou novos ritmos e arranjos ao balaio de Chico César, principalmente em "Antinome", "Sem ganzá não é coco", "Experiência", "Flor de mandacaru", "Nas fronteiras do mundo" e na faixa-título.
Em 2003, Chico César estreou seu próprio selo, o Chita Discos. O primeiro lançamento foi o disco Vem no vento do grupo Jaguaribe Carne de Pedro Osmar e Paulo Ró. Chico César participou do disco dos amigos-mestres ao lado de Lenine, Totonho, Lula Queiroga, Jarbas Mariz, Bráulio Tavares, Thomas Rohrer, Célio Barros e Zeca Baleiro, entre muitos outros. Na virada de 2004 para 2005 a Chita Discos lançou mais dois CDs, duas trilhas sonoras compostas por Chico César para peças infantis realizadas pela dupla Marília Toledo e Rodrigo Castilho: Marias do Brasil (feita em parceria com o grupo de percussão corporal Barbatuques) e Amídalas (com participações de Zélia Duncan, Lenine, André Abujamra, Ceumar, Marisa Orth, Arnaldo Antunes, Moska, Ana Carolina, João Macacão e Vitor Ramil, entre outros).
Chico César aproveitou o ano de 2005 para se lançar em um projeto pessoal, um single, o primeiro volume do projeto Compacto e simples (Chita Discos). O CD trouxe duas músicas inéditas, “Brega” e “Odeio rodeio” (com participação de Rita Lee), para mostrar a viabilidade financeira dos compactos no Brasil. No mesmo ano lançou De uns tempos pra cá (Biscoito Fino), trabalho de câmara feito em parceria com o Quinteto da Paraíba. Em 2006, o elogiado trabalho se transformou em seu primeiro DVD, Cantos e encontros de uns tempos pra cá (Biscoito Fino). Estreou também como escritor no livro Cantáteis - Cantos elegíacos de amozade (Garamond, 2006).
Enquanto a carreira de Chico César vai trilhando seus próprios rumos, suas composições seguem frescas em vozes tão diversas quanto as de Ivan Lins, Ceumar, Emílio Santiago, Miriam Maria, Mônica Salmaso, MPB 4, Quinteto Violado, Suzana Salles, Renato Braz, Thaíde e DJ Hum, Vange Milliet, Vânia Abreu, Xangai, Zizi Possi, Zeca Baleiro e Sting.